研究キーワード 【 表示 / 非表示

  • 計算生物学、生命情報学、生物物理学、分子進化学、タンパク質-DNA/RNA相互作用

研究内容 【 表示 / 非表示

  • 当研究室では、研究室所有のコンピュータが持つ計算力と、教員・学生がもつ無限の想像力と根性で、以下のテーマの研究を展開します。テーマ群は、二つの軸から構成されています。一つの軸は生物学的な疑問を根底にし、既存の手法を用いて謎を解いていくテーマです。もう一つの軸は、技術的な問題を根底にし、既存の生命情報学手法の改良や、新規手法の開発を行うテーマです。実際には、同一のテーマが両方の側面を持つ場合が多いです。どちらを主軸にするかは、各自の好みで決まっていきます。教授は生物学的な疑問を根底にして、必要ならば技術開発もしています。

教育内容 【 表示 / 非表示

  • 計算生物学の基礎を教育するために、学部において以下の講義を担当する。「生命情報学概論」「計算生物学」「生物統計学」「分子構造生物学」「生命情報プログラミング演習」。また、計算生物学の応用発展を教育するために、大学院において、以下の講義を担当する。「計算生物学特論」「計算生物学演習」「生命情報科学特論」「生命情報科学演習」「統計データ解析論」「生命情報学」「生命情報学演習」「予測生物学」「英語アカデミックプレゼンテーション」「総合ライフサイエンス演習」「キャリア開発特論」。さらに学外でも「生物物理学」の集中講義・分担講義を行っている。

将来の研究計画・研究の展望・共同研究の可能性 【 表示 / 非表示

  • 生命現象、特に転写後翻訳前のRNA加工のプロセスを原子分解能で理解することをめざす。その理解に立って、創薬等への応用をめざす。

受験生等へのメッセージ 【 表示 / 非表示

  • 理系学問の壁を打ち破り、さらには文系理系の壁も打ち破って、自然現象を総合的に(どん欲に)理解する思いをもって、大学に入学してくれることを期待します。物理、化学、生物、数学などの分類(壁)は、人間が便宜的に作った境界(蜃気楼)であることに、気がついてください。その壁を破って、自然を総合的に理解できるようになると、また新しくておもしろい世界が広がってきます。

学歴 【 表示 / 非表示

  • 早稲田大学, 理工学部, 応用物理学科, 大学, 1988年03月, 卒業, 日本国

  • 早稲田大学大学院, 理工学研究科, 物理学及び応用物理学専攻, 大学院(修士課程), 1990年03月, 修了, 日本国

  • 名古屋大学大学院, 理学部, 生物学専攻, 大学院(博士課程), 1993年03月, 単位取得満期退学, 日本国

  • 名古屋大学, その他, 1999年03月, その他, 日本国

学位 【 表示 / 非表示

  • 工学学士, 1988年03月

  • 理学修士, 1990年03月

  • 博士(理学), 1999年03月

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 人間文化創成科学研究科 研究院【基幹部門】 自然・応用科学系,教授

  • 基幹研究院 自然科学系,教授

  • 人間文化創成科学研究科 教育院【博士後期課程】 ライフサイエンス専攻,教授

  • 人間文化創成科学研究科 博士後期課程 ライフサイエンス専攻,教授

  • 人間文化創成科学研究科 教育院【博士前期課程】 ライフサイエンス専攻,教授

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学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 日本学術振興会特別研究員(DC),特別研究員,1992年04月 - 1993年03月

  • 名古屋大学 理学部生物学科,助手,1993年04月 - 1996年03月

  • 名古屋大学大学院 理学研究科,助手,1996年04月 - 2001年12月

  • 日本原子力研究所 計算科学技術推進センター,副主任研究員,2002年01月 - 2005年09月

  • 日本原子力研究開発機構 システム計算科学センター,副主任研究員,2005年10月 - 2008年03月

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専門分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

 

学術著書・訳書 【 表示 / 非表示

  • Prediction of Protein Structures, Functions, and Interactions

    Prediction of molecular interactions from 3D-structures: from small ligands to large protein complexes, Wiley and Sons, 2008年12月, Kinoshita, K., Kono, H., Yura, K., Bujnicki, J.M., 教科書, 159-186

  • Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2005 (ISFCS2005)

    Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome, Springer, 2007年04月, Go, M., Yura, K., Shionyu, M., Kaneda, Y., Kawamura, H., Sasai, M., 単行本(学術書), 75-80

  • 生物物理学ハンドブック

    ドメイン,モチーフ,モジュール, 朝倉書店, 2007年04月, 由良 敬, 石渡信一、桂 勲、桐野 豊、美宅成樹, 辞典・事典, 51-53

  • 食品の科学

    ビタミン、ミネラルのかたち, 東京化学同人, 2005年03月, 由良 敬, 上野川 修一、田之倉 優, 研究書, 87-95

  • パリティ 2013年6月号

    Intrinsically disordered proteins, Physics Today 68(8), 丸善出版株式会社, American Institute of Physics, 2013年06月, 2012年, 由良敬, Peter Tompa, Kyou-Hoon Han, 研究書, 45-47

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論文 【 表示 / 非表示

  • Characteristics and prediction of RNA editing sites in transcripts of the moss Takakia lepidozioides chloroplast

    DNA Research, 15巻5号(頁309 - 321), 2008年12月, Yura, K., Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M., 原著, 研究論文(学術雑誌), 第一著者相当

  • Key interactions in integrin ectodomain responsible for global conformational change detected by elastic network normal mode analysis

    Biophysical Journal, 95巻6号(頁2895 - 2908), 2008年09月, Matsumoto, A., Kamata, T., Takagi, J., Iwasaki, K., Yura, K., 原著, 研究論文(学術雑誌), 共著者

  • Discrimination of class I cyclobutane pyrimidine dimer photolyase from blue light photoreceptors by single methionine residue

    Biophysical Journal, 94巻6号(頁2194 - 2203), 2008年03月, Miyazawa, Y., Nishioka, H., Yura, K., Yamato, T., 原著, 研究論文(学術雑誌), 共著者

  • The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

    Nucleic Acids Research, 36巻DataBase Issue号(頁D793 - D799), 2008年01月, Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 consortium, 原著, 研究論文(学術雑誌), 共著者

  • coliSNP database server mapping nsSNPs on protein structures

    Nucleic Acids Research, 36巻DataBase Issue号(頁D409 - D413), 2008年01月, Kono, H., Yuasa, T., Nishiue, S., Yura, K., 原著, 研究論文(学術雑誌), 共著者

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研究発表 【 表示 / 非表示

  • プリン生合成系の成り立ち—全酵素の俯瞰的な構造比較から—

    塩生 真史、郷 通子、由良 敬 , 国内, 2016年12月, 第39 回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜, 日本分子生物学会, 招待講演, 第一発表者

  • タンパク質複合体界面における「からまった」構造は何を意味するのか?

    由良 敬、中川 真理子、ヘイワード・スティーブン, 国内, 2016年09月, 日本生化学会大会, 仙台, 日本生化学会, 招待講演, 第一発表者

  • ラン藻プロテオームの立体構造は どこまでわかったか?

    岩崎 愛、由良 敬, 国内, 2016年06月, ラン藻ゲノム交流会2016, 東京大学駒場キャンパス、東京, ラン藻ゲノム交流会, 招待講演, 第一発表者

  • 配列から機能まで、統合解析のためのVapRoS

    由良 敬, 国内, 2016年03月, 日本農芸化学会2016年度大会, 札幌, 日本農芸化学会, 招待講演, 第一発表者

  • Improvement in the prediction of RNA interface in RNA-binding protein

    YURA Kei, 国内, 2015年09月, The 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Kanazawa University, Kanazawa, Japan, the Biophysical Society of Japan, 招待講演, 第一発表者

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研究活動に対する受賞 【 表示 / 非表示

  • BIOPHYSICS論文賞

    日本生物物理学会, Shoichi Metsugi, “Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile” BIOPHYSICS vol. 1, pp.33-43 (2005), 2013年10月, 国内

  • 日本進化学会東京大会ポスター賞(優良賞)

    日本進化学会年会実行委員会, 郷通子、由良敬, ポスター番号P-108:植物オルガネラにおけるRNAエディティングの部位とタンパク質立体構造の関係, 2008年08月, 国内

外部資金等受入(教育・社会貢献の外部資金を含む) 【 表示 / 非表示

  • タンパク質の複合体構造を推定するための構造バイオインフォマティクス

    由良 敬, ターゲットタンパク研究プログラム, 文部科学省, 2008年度, 17,928千円

  • 生体高分子間相互作用構造推定のため情報抽出法の開発

    基盤研究(C), 由良 敬, 科学研究費補助金, 文部科学省, 2008年度, 700千円

  • ミル貝感染ウイルスゲノムのバイオインフォマティクス解析

    由良 敬, 平成29年度二国間交流事業共同研究・セミナー(ベトナム), 日本学術振興会, 2017年度, 2,377千円

  • 細胞生物学および計算生物学の手法を用いた消毒機構の定量的評価に関する研究

    基盤研究(B), 大瀧雅寛, 由良 敬, 科学研究費補助金, 日本学術振興会, 2017年度, 728千円

  • 転写後翻訳前の分子異常による疾患発生の分子機構研究

    千葉和義, 由良 敬, 武田科学振興財団2016年度特定研究助成, 武田科学振興財団, 2016年度, 15,000千円

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学術団体の役員、委員等としての貢献 【 表示 / 非表示

  • 日本生物物理学会, 委員,2005年01月 - 2008年12月, 国内

  • World Wide Protein Data Bank (wwPDB), 委員,2005年01月 - 2008年12月, 国外

  • 日本生物物理学会, 副会長,2011年01月 - 2012年12月, 国内