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由良 敬 Kei Yura
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研究内容 【 表示 ／ 非表示 】
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当研究室では、研究室所有のコンピュータが持つ計算力と、教員・学生がもつ無限の想像力と根性で、以下のテーマの研究を展開します。テーマ群は、二つの軸から構成されています。一つの軸は生物学的な疑問を根底にし、既存の手法を用いて謎を解いていくテーマです。もう一つの軸は、技術的な問題を根底にし、既存の生命情報学手法の改良や、新規手法の開発を行うテーマです。実際には、同一のテーマが両方の側面を持つ場合が多いです。どちらを主軸にするかは、各自の好みで決まっていきます。教授は生物学的な疑問を根底にして、必要ならば技術開発もしています。
教育内容 【 表示 ／ 非表示 】
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計算生物学の基礎を教育するために、学部において以下の講義を担当する。「生命情報学概論」「計算生物学」「生物統計学」「分子構造生物学」「生命情報プログラミング演習」。また、計算生物学の応用発展を教育するために、大学院において、以下の講義を担当する。「計算生物学特論」「計算生物学演習」「生命情報科学特論」「生命情報科学演習」「統計データ解析論」「生命情報学」「生命情報学演習」「予測生物学」「英語アカデミックプレゼンテーション」「総合ライフサイエンス演習」「キャリア開発特論」。さらに学外でも「生物物理学」の集中講義・分担講義を行っている。
将来の研究計画・研究の展望・共同研究の可能性 【 表示 ／ 非表示 】
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生命現象、特に転写後翻訳前のＲＮＡ加工のプロセスを原子分解能で理解することをめざす。その理解に立って、創薬等への応用をめざす。
受験生等へのメッセージ 【 表示 ／ 非表示 】
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理系学問の壁を打ち破り、さらには文系理系の壁も打ち破って、自然現象を総合的に（どん欲に）理解する思いをもって、大学に入学してくれることを期待します。物理、化学、生物、数学などの分類（壁）は、人間が便宜的に作った境界（蜃気楼）であることに、気がついてください。その壁を破って、自然を総合的に理解できるようになると、また新しくておもしろい世界が広がってきます。
学歴 【 表示 ／ 非表示 】
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早稲田大学, 理工学部, 応用物理学科, 大学, 1988年03月, 卒業, 日本国
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早稲田大学大学院, 理工学研究科, 物理学及び応用物理学専攻, 大学院（修士課程）, 1990年03月, 修了, 日本国
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名古屋大学大学院, 理学部, 生物学専攻, 大学院（博士課程）, 1993年03月, 単位取得満期退学, 日本国
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名古屋大学, その他, 1999年03月, 論文博士, 日本国
学内職務経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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人間文化創成科学研究科 研究院【基幹部門】 自然・応用科学系，教授，2008年04月 - 2015年03月
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基幹研究院 自然科学系，教授，2015年04月 - 継続中
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人間文化創成科学研究科 教育院【博士後期課程】 ライフサイエンス専攻，教授，2008年04月 - 2015年03月
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人間文化創成科学研究科 博士後期課程 ライフサイエンス専攻，教授，2015年04月 - 継続中
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人間文化創成科学研究科 教育院【博士前期課程】 ライフサイエンス専攻，教授，2008年04月 - 2015年03月
学外略歴 【 表示 ／ 非表示 】
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日本学術振興会特別研究員（ＤＣ），特別研究員，1992年04月 - 1993年03月
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名古屋大学 理学部生物学科，助手，1993年04月 - 1996年03月
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名古屋大学大学院 理学研究科，助手，1996年04月 - 2001年12月
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日本原子力研究所 計算科学技術推進センター，副主任研究員，2002年01月 - 2005年09月
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日本原子力研究開発機構 システム計算科学センター，副主任研究員，2005年10月 - 2008年03月
担当科目 【 表示 ／ 非表示 】
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2024年度
学術著書・訳書 【 表示 ／ 非表示 】
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最先端コオロギ学 ー世界初！ 新しい生物学がここにあるー
日本のムーンショットプロジェクト, 北隆館, 2022年04月, 由良敬, 野地 澄晴, 教科書・概説・概論, 19-20, 口絵(6)
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実験医学別冊 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト
６）創薬等に役立つインターネット上のデータベース, 羊土社, 2021年12月, 由良 敬、鈴木 博文、栗栖 源嗣、川端 猛、木下 賢吾、 白井 剛、土方 敦司、田之倉 優, 津田 浩平、前仲 勝実, 学術書, 269-283
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パリティ ２０１３年６月号
Intrinsically disordered proteins, Physics Today 68(8), 丸善出版株式会社, American Institute of Physics, 2013年06月, 2012年, 由良敬, Peter Tompa, Kyou-Hoon Han, 学術書, 45-47
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進化分子工学─高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発─
第4章 タンパク質進化の機構, エヌ・ティー・エス, 2013年, 由良 敬、高井美智留, 伏見 譲, 調査報告書, 61-70
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ヘンダーソン生物学用語辞典
H, I, J, K, Q, S, Henderson's Dictionary of Biology, Ohmsha, Pearson Education Limited, 2012年09月, 2011年, 木田満里代、嶌田智、関啓子、千葉和義、服田昌之、宮本康則、室伏きみ子、室伏擴、由良敬、市原健介, 生物学用語辞典編集委員会, Eleanor Lawrence, 事典・辞書, 116ページ
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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A trial of web-based method to teach impact of genome variation on protein structures at high school
Natural Science Report, Ochanomizu University, お茶の水女子大学, 73巻1-2号(頁13 - 21), 2023年03月, Saki Katagiri, Mayu Shibata, Misae Kudo, Kei Yura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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PGLN: A newly identified amino phosphoglycolipid species in Thermus thermophilus HB8
Biochemistry and Biophysics Reports, Elsevier B.V., 32巻(頁101377 - ), 2022年12月, Naoki Nemoto, Masahiko Kawaguchi, Kei Yura, Haruo Shimada, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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Targeted single-cell genomics reveals novel host adaptation strategies of the symbiotic bacteria Endozoicomonas in Acropora tenuis coral
Microbiome, Springer Nature, 10巻(頁220 - ), 2022年12月, Keigo Ide, Yohei Nishikawa, Toru Maruyama, Yuko Tsukada, Masato Kogawa, Hiroki Takeda, Haruka Ito, Ryota Wagatsuma, Rimi Miyaoka, Yoshikatsu Nakano, Koji Kinjo, Michihiro Ito, Masahito Hosokawa, Kei Yura, Shoichiro Suda, Haruko Takeyama, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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O3C Glass-Class: A machine learning framework for prognostic prediction of ovarian clear cell carcinoma
Bioinformatics and Biology Insights, SAGE Journal, 16巻(頁11779322221134312 - ), 2022年11月, Ryo Yokomizo, Tiago J.S. Lopes, Nagisa Takashima, Sou Hirose, Ayako Kawabata, Masataka Takenaka, Yasushi Iida, Nozomu Yanaihara, Kei Yura, Haruhiko Sago, Aikou Okamoto, Akihiro Umezawa, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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Validation of the application of gel beads-based single-cell genome sequencing platform to soil and seawater
ISME Communications, Springer Nature, 2巻1号(頁92 - ), 2022年09月, Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Ryota Wagatsuma, Katsuhiko Mineta, Kai Takahashi, Keigo Ide, Kei Yura, Hayedeh Behzad, Takashi Gojobori, Haruko Takeyama, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
研究発表 【 表示 ／ 非表示 】
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1細胞/微小組織マルチオミックスのオールインワン解析による生命科学研究支援
由良敬, 国内, 口頭発表（招待・特別）, 2022年10月, 2022年10月25日2022年10月27日, CBI学会2022年大会, タワーホール船堀、東京, CBI学会, 招待講演, 第一発表者
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生命科学データベースを接続したVaProSによるデータ解析
由良 敬, 国内, 2018年11月, , 第41回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜会議センター、神奈川、日本, 日本分子生物学会, 招待講演, 第一発表者
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ホタルイカのゲノムデータ解析による発光タンパク質の推定
川井 優里、舟橋 実里、由良 敬, 国内, 2018年10月, , 第一回イカ・タコ研究会, 島根大学 隠岐海浜実験所, イカ・タコ研究会, 一般発表, 第一発表者
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創薬等ライフサイエンス研究を促進する研究支援とデータサイエンス
由良 敬, 国内, 2018年10月, , CBI学会2018年度大会, タワーホール船堀、東京、日本, CBI学会, 招待講演, 第一発表者
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生命科学データベースの接続をめざすVaProSから見えてくるあらたな知見
由良 敬, 国内, 2018年09月, , 第56回日本生物物理学会, 岡山大学津山キャンパス、岡山、日本, 日本生物物理学会, 招待講演, 第一発表者
研究活動に対する受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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BIOPHYSICS論文賞
日本生物物理学会, Shoichi Metsugi, “Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile” BIOPHYSICS vol. 1, pp.33-43 (2005), 2013年10月, 国内
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日本進化学会東京大会ポスター賞(優良賞)
日本進化学会年会実行委員会, 郷通子、由良敬, ポスター番号P-108：植物オルガネラにおけるRNAエディティングの部位とタンパク質立体構造の関係, 2008年08月, 国内
外部資金等受入（教育・社会貢献の外部資金を含む） 【 表示 ／ 非表示 】
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比較トランスクリプトーム解析に基づいたエンマコオロギの卵休眠機構の解明
基盤研究（Ｃ）, 2022年度, 10千円
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地球規模の食料問題の解決と人類の宇宙進出に向けた昆虫が支える循環型食料生産システムの開発
ムーンショット型農林水産研究開発事業, 由良敬, ムーンショット型農林水産研究開発事業, 内閣府, 2022年度
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比較トランスクリプトーム解析に基づいたエンマコオロギの卵休眠機構の解明
基盤研究（Ｃ）, 片岡 孝介, 由良 敬, 科学研究費助成事業, JSPS, 2021年度
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偽エクソン型スプライス異常に起因する遺伝性難病の個別化医療の実現
革新的先端研究開発支援事業, 萩原 正敏, 由良 敬, 令和3年度 ステップタイプ（FORCE）, AMED, 2021年度
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SLE関連多型に触発された構造モジュール組換えによる抗原受容体活性化機構の解明
基盤研究（Ｃ）, 本田善一郎, 2021年度
学術団体の役員、委員等としての貢献 【 表示 ／ 非表示 】
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日本生物物理学会
2005年01月 - 2008年12月，委員, 国内
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World Wide Protein Data Bank (wwPDB)
2005年01月 - 2008年12月，委員, 国外
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日本生物物理学会
2011年01月 - 2012年12月，副会長, 国内
マスコミによる報道・出演・コメント等掲載 【 表示 ／ 非表示 】
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日本経済新聞
2016年06月22日, 日本経済新聞社
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技術総合誌 OHM
2012年06月12日
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生命誌年刊号「編む」
2012年03月01日
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日経サイエンス
2009年11月01日
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文芸広場
2008年09月01日