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由良 敬 YURA Kei
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研究内容 【 表示 ／ 非表示 】
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当研究室では、研究室所有のコンピュータが持つ計算力と、教員・学生がもつ無限の想像力と根性で、以下のテーマの研究を展開します。テーマ群は、二つの軸から構成されています。一つの軸は生物学的な疑問を根底にし、既存の手法を用いて謎を解いていくテーマです。もう一つの軸は、技術的な問題を根底にし、既存の生命情報学手法の改良や、新規手法の開発を行うテーマです。実際には、同一のテーマが両方の側面を持つ場合が多いです。どちらを主軸にするかは、各自の好みで決まっていきます。教授は生物学的な疑問を根底にして、必要ならば技術開発もしています。
教育内容 【 表示 ／ 非表示 】
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計算生物学の基礎を教育するために、学部において以下の講義を担当する。「生命情報学概論」「計算生物学」「生物統計学」「分子構造生物学」「生命情報プログラミング演習」。また、計算生物学の応用発展を教育するために、大学院において、以下の講義を担当する。「計算生物学特論」「計算生物学演習」「生命情報科学特論」「生命情報科学演習」「統計データ解析論」「生命情報学」「生命情報学演習」「予測生物学」「英語アカデミックプレゼンテーション」「総合ライフサイエンス演習」「キャリア開発特論」。さらに学外でも「生物物理学」の集中講義・分担講義を行っている。
将来の研究計画・研究の展望・共同研究の可能性 【 表示 ／ 非表示 】
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生命現象、特に転写後翻訳前のＲＮＡ加工のプロセスを原子分解能で理解することをめざす。その理解に立って、創薬等への応用をめざす。
受験生等へのメッセージ 【 表示 ／ 非表示 】
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理系学問の壁を打ち破り、さらには文系理系の壁も打ち破って、自然現象を総合的に（どん欲に）理解する思いをもって、大学に入学してくれることを期待します。物理、化学、生物、数学などの分類（壁）は、人間が便宜的に作った境界（蜃気楼）であることに、気がついてください。その壁を破って、自然を総合的に理解できるようになると、また新しくておもしろい世界が広がってきます。
学歴 【 表示 ／ 非表示 】
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早稲田大学, 理工学部, 応用物理学科, 大学, 1988年03月, 卒業, 日本国
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早稲田大学大学院, 理工学研究科, 物理学及び応用物理学専攻, 大学院（修士課程）, 1990年03月, 修了, 日本国
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名古屋大学大学院, 理学部, 生物学専攻, 大学院（博士課程）, 1993年03月, 単位取得満期退学, 日本国
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名古屋大学, その他, 1999年03月, 論文博士, 日本国
学内職務経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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人間文化創成科学研究科 研究院【基幹部門】 自然・応用科学系，教授，2008年04月 - 2015年03月
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基幹研究院 自然科学系，教授，2015年04月 - 継続中
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人間文化創成科学研究科 教育院【博士後期課程】 ライフサイエンス専攻，教授，2008年04月 - 2015年03月
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人間文化創成科学研究科 博士後期課程 ライフサイエンス専攻，教授，2015年04月 - 継続中
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人間文化創成科学研究科 教育院【博士前期課程】 ライフサイエンス専攻，教授，2008年04月 - 2015年03月
学外略歴 【 表示 ／ 非表示 】
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日本学術振興会特別研究員（ＤＣ），特別研究員，1992年04月 - 1993年03月
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名古屋大学 理学部生物学科，助手，1993年04月 - 1996年03月
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名古屋大学大学院 理学研究科，助手，1996年04月 - 2001年12月
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日本原子力研究所 計算科学技術推進センター，副主任研究員，2002年01月 - 2005年09月
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日本原子力研究開発機構 システム計算科学センター，副主任研究員，2005年10月 - 2008年03月
担当科目 【 表示 ／ 非表示 】
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2024年度
学術著書・訳書 【 表示 ／ 非表示 】
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生命起源の事典
原始遺伝子群の統合/ゲノムの起源, 朝倉書店, 2024年05月, 由良敬, 薮田 ひかる・川村 邦男・赤沼 哲史・木賀 大介・根本 直人・古川 善博・横堀 伸一, 学術書, 2
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最先端コオロギ学 ー世界初！ 新しい生物学がここにあるー
日本のムーンショットプロジェクト, 北隆館, 2022年04月, 由良敬, 野地 澄晴, 教科書・概説・概論, 19-20, 口絵(6)
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実験医学別冊 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト
６）創薬等に役立つインターネット上のデータベース, 羊土社, 2021年12月, 由良 敬、鈴木 博文、栗栖 源嗣、川端 猛、木下 賢吾、 白井 剛、土方 敦司、田之倉 優, 津田 浩平、前仲 勝実, 学術書, 269-283
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パリティ ２０１３年６月号
Intrinsically disordered proteins, Physics Today 68(8), 丸善出版株式会社, American Institute of Physics, 2013年06月, 2012年, 由良敬, Peter Tompa, Kyou-Hoon Han, 学術書, 45-47
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進化分子工学─高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発─
第4章 タンパク質進化の機構, エヌ・ティー・エス, 2013年, 由良 敬、高井美智留, 伏見 譲, 調査報告書, 61-70
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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Identification of novel Golgi-localized putative glycosyltransferase protein in Arabidopsis thaliana
Plant Biotechnology, , 41巻1号(頁35 - 44), 2024年03月, Natalia Rzepecka, Yoko Ito, Kei Yura, Emi Ito, Tomohiro Uemura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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シングルセル/微小組織マルチオミクス解析
実験医学, 羊土社, 42巻2号(頁199 - 204), 2024年01月, 由良敬、松永浩子、細川正人、和泉自泰、村松知成、福永津嵩、浜田道昭、馬場健史、竹山春子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当
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Residue coevolution and mutational landscape for OmpR and NarL response regulator subfamilies
Biophysical Journal, , 123巻6号(頁681 - 692), 2024年01月, Mayu Shibata, Xingcheng Lin, José N. Onuchic, Kei Yura, Ryan R. Chen, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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Complete mitochondrial genome sequences of two ground crickets, Dianemobius fascipes nigrofasciatus and Polionemobius taprobanensis (Orthoptera: Grylloidea: trigonidiidae)
Mitochondrial DNA Part B, , 8巻12号(頁1311 - 1315), 2023年12月, Kohyoh Murata, Kosuke Kataoka, Ryuto Sanno, Kazuhiro Satomura, Atsushi Ogura, Toru Asahi, Kei Yura, Takeshi Suzuki, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
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ThermusQ: Toward the cell simulation platform for Thermus thermophilus
Journal of General and Applied Microbiology, Applied Microbiology, Molecular and Cellular Biosciences Research Foundation, 69巻2号(頁59 - 67), 2023年09月, Atsushi Hijikata, Tairo Oshima, Kei Yura, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者
研究発表 【 表示 ／ 非表示 】
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Dark Enzymes Dark Proteinsに光を当てるために
由良敬, 国内, 口頭発表（招待・特別）, 2023年12月, 2023年12月27日2023年12月27日, 第２３回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー, 名古屋大学オークマ工作機械工学館オークマホール, 名古屋大学遺伝子実験施設, 招待講演, 第一発表者
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コオロギ上科におけるタウリン生合成経路の探索
2. 鈴木愛菜, 国内, ポスター発表, 2023年12月, 2023年12月06日2023年12月08日, 第46回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 日本分子生物学会, 一般発表, 共著者
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大脳皮質第５層錐体細胞におけるシナプス入力の時空間的クラスタリングと入力同時性検出機能の関係解析
徳田椋子, 国内, ポスター発表, 2023年12月, 2023年12月06日2023年12月08日, 第46回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 日本分子生物学会, 一般発表, 共著者
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コオロギ科の染色体レベル全ゲノム塩基配列に基づく性分化機構の解明
三野流斗, 国内, ポスター発表, 2023年12月, 2023年12月06日2023年12月08日, 第46回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 日本分子生物学会, 一般発表, 共著者
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Data integration platform for extracting new knowledge from Thermus thermophilus
Kei Yura, 国外, 口頭発表（招待・特別）, 2023年11月, 2023年10月30日2023年11月02日, 第９６回日本生化学会大会, 福岡国際会議場, 日本生化学会, 招待講演, 第一発表者
研究活動に対する受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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BIOPHYSICS論文賞
日本生物物理学会, Shoichi Metsugi, “Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile” BIOPHYSICS vol. 1, pp.33-43 (2005), 2013年10月, 国内
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日本進化学会東京大会ポスター賞(優良賞)
日本進化学会年会実行委員会, 郷通子、由良敬, ポスター番号P-108：植物オルガネラにおけるRNAエディティングの部位とタンパク質立体構造の関係, 2008年08月, 国内
外部資金等受入（教育・社会貢献の外部資金を含む） 【 表示 ／ 非表示 】
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Moonshot
Kei Yura, Ministry of Agriculture and Fishery, 2023年度
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比較トランスクリプトーム解析に基づいたエンマコオロギの卵休眠機構の解明
基盤研究（Ｃ）, 2022年度, 10,000千円
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地球規模の食料問題の解決と人類の宇宙進出に向けた昆虫が支える循環型食料生産システムの開発
ムーンショット型農林水産研究開発事業, 由良敬, ムーンショット型農林水産研究開発事業, 内閣府, 2022年度
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比較トランスクリプトーム解析に基づいたエンマコオロギの卵休眠機構の解明
基盤研究（Ｃ）, 片岡 孝介, 由良 敬, 科学研究費助成事業, JSPS, 2021年度
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偽エクソン型スプライス異常に起因する遺伝性難病の個別化医療の実現
革新的先端研究開発支援事業, 萩原 正敏, 由良 敬, 令和3年度 ステップタイプ（FORCE）, AMED, 2021年度
学術団体の役員、委員等としての貢献 【 表示 ／ 非表示 】
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日本生物物理学会
2005年01月 - 2008年12月，委員, 国内
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World Wide Protein Data Bank (wwPDB)
2005年01月 - 2008年12月，委員, 国外
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日本生物物理学会
2011年01月 - 2012年12月，副会長, 国内
公開講座、講演・講習・研修会、出張講義等 【 表示 ／ 非表示 】
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「データ処理」についての特別講義と演習
2023年08月, 千葉高校, 千葉高校, 出前授業
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「データ処理」についての特別講義と演習
2023年03月, 千葉高校, 千葉高校, 出前授業
マスコミによる報道・出演・コメント等掲載 【 表示 ／ 非表示 】
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日本経済新聞
2016年06月22日, 日本経済新聞社
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技術総合誌 OHM
2012年06月12日
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生命誌年刊号「編む」
2012年03月01日
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日経サイエンス
2009年11月01日
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文芸広場
2008年09月01日