論文 - 由良　敬

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  1. Chromosome-scale whole genome assembly and annotation of the Jamaican field cricket Gryllus assimilis

    Scientific Data, Springer-Nature, 12巻(頁826 - ), 2025年05月, Yuki Ito, Ryuto Sanno, Seiya Ashikari, Kei Yura, Toru Asahi, Guillem Ylla,Kosuke Kataoka, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  2. Applicability of the regression approach for histological multi-class grading in clear cell renal cell carcinoma

    Regenerative Therapy, Elsevier, 28巻(頁431 - 437), 2025年03月, Mayu Shibata, Akihiro Umezawa, Saki Aoto, Kohji Okamura, Michiyo Nasu, Ryuichi Mizuno, Mototsugu Oya, Kei Yura, Shuji Mikami, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  3. Identification of novel Golgi-localized putative glycosyltransferase protein in Arabidopsis thaliana

    Plant Biotechnology, , 41巻1号(頁35 - 44), 2024年03月, Natalia Rzepecka, Yoko Ito, Kei Yura, Emi Ito, Tomohiro Uemura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  4. シングルセル/微小組織マルチオミクス解析

    実験医学, 羊土社, 42巻2号(頁199 - 204), 2024年01月, 由良敬、松永浩子、細川正人、和泉自泰、村松知成、福永津嵩、浜田道昭、馬場健史、竹山春子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  5. Residue coevolution and mutational landscape for OmpR and NarL response regulator subfamilies

    Biophysical Journal, , 123巻6号(頁681 - 692), 2024年01月, Mayu Shibata, Xingcheng Lin, José N. Onuchic, Kei Yura, Ryan R. Chen, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  6. Complete mitochondrial genome sequences of two ground crickets, Dianemobius fascipes nigrofasciatus and Polionemobius taprobanensis (Orthoptera: Grylloidea: trigonidiidae)

    Mitochondrial DNA Part B, , 8巻12号(頁1311 - 1315), 2023年12月, Kohyoh Murata, Kosuke Kataoka, Ryuto Sanno, Kazuhiro Satomura, Atsushi Ogura, Toru Asahi, Kei Yura, Takeshi Suzuki, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  7. ThermusQ: Toward the cell simulation platform for Thermus thermophilus

    Journal of General and Applied Microbiology, Applied Microbiology, Molecular and Cellular Biosciences Research Foundation, 69巻2号(頁59 - 67), 2023年09月, Atsushi Hijikata, Tairo Oshima, Kei Yura, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  8. Isolation and genomic analysis of a type IV pili-independent Thermus thermophilus phage, φMN1 from a Japanese hot spring

    Journal of General and Applied Microbiology, Applied Microbiology, Molecular and Cellular Biosciences Research Foundation, 69巻2号(頁117 - 124), 2023年07月, Masatada Tamakoshi, Atsushi Hijikata, Kei Yura, Kenshiro Oshima, Hidehiro Toh, Kaoru Mitsuoka, Tairo Oshima, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  9. Whole genome analyses for c-type cytochromes associated with respiratory chains in the extreme thermophile, Thermus thermophilus

    Journal of General and Applied Microbiology, Applied Microbiology, Molecular and Cellular Biosciences Research Foundation, 69巻2号(頁68 - 78), 2023年06月, Koyu Hon-nami, Atsushi Hijikata, Kei Yura, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  10. A trial of web-based method to teach impact of genome variation on protein structures at high school

    Natural Science Report, Ochanomizu University, お茶の水女子大学, 73巻1-2号(頁13 - 21), 2023年03月, Saki Katagiri, Mayu Shibata, Misae Kudo, Kei Yura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  11. PGLN: A newly identified amino phosphoglycolipid species in Thermus thermophilus HB8

    Biochemistry and Biophysics Reports, Elsevier B.V., 32巻(頁101377 - ), 2022年12月, Naoki Nemoto, Masahiko Kawaguchi, Kei Yura, Haruo Shimada, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  12. Targeted single-cell genomics reveals novel host adaptation strategies of the symbiotic bacteria Endozoicomonas in Acropora tenuis coral

    Microbiome, Springer Nature, 10巻(頁220 - ), 2022年12月, Keigo Ide, Yohei Nishikawa, Toru Maruyama, Yuko Tsukada, Masato Kogawa, Hiroki Takeda, Haruka Ito, Ryota Wagatsuma, Rimi Miyaoka, Yoshikatsu Nakano, Koji Kinjo, Michihiro Ito, Masahito Hosokawa, Kei Yura, Shoichiro Suda, Haruko Takeyama, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  13. O3C Glass-Class: A machine learning framework for prognostic prediction of ovarian clear cell carcinoma

    Bioinformatics and Biology Insights, SAGE Journal, 16巻(頁11779322221134312 - ), 2022年11月, Ryo Yokomizo, Tiago J.S. Lopes, Nagisa Takashima, Sou Hirose, Ayako Kawabata, Masataka Takenaka, Yasushi Iida, Nozomu Yanaihara, Kei Yura, Haruhiko Sago, Aikou Okamoto, Akihiro Umezawa, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  14. Validation of the application of gel beads-based single-cell genome sequencing platform to soil and seawater

    ISME Communications, Springer Nature, 2巻1号(頁92 - ), 2022年09月, Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Ryota Wagatsuma, Katsuhiko Mineta, Kai Takahashi, Keigo Ide, Kei Yura, Hayedeh Behzad, Takashi Gojobori, Haruko Takeyama, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  15. Computational study of the impact of nucleotide variations on highly conserved proteins: In the case of actin

    Biophysics and Physicobiology, 日本生物物理学会, 19巻1号(頁e190025 - ), 2022年07月, Ha T. T. Duong, Hirofumi Suzuki, Saki Katagiri, Mayu Shibata, Misae Arai, Kei Yura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  16. 日本語版健常者病気認知尺度:遺伝性疾患への適用の検討

    日本遺伝カウンセリング学会誌, , 43巻1号(頁47 - 52), 2022年05月, 甲畑(照井)宏子・由良　敬・池田まさみ, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  17. Co-expression network analysis of environmental canalization in the ascidian Ciona

    BMC Ecology and Evolution, , 22巻(頁53), 2022年04月, Atsuko Sato, Gina M Oba, Nathanael Aubert-Kato, Kei Yura, John Bishop, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  18. Single-cell metabolite detection and genomics reveals uncultivated talented producer

    PNAS nexus, , 1巻1号(頁pgab007), 2022年03月, Masato Kogawa, Rimi Miyaoka, Franziska Hemmerling, Masahiro Ando, Kei Yura, Keigo Ide, Yohei Nishikawa, Masahito Hosokawa, Yuji Ise, Jackson K B Cahn, Kentaro Takada, Shigeki Matsunaga, Tetsushi Mori, Jörn Piel, Haruko Takeyama , 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  19. Protein Data Bank Japan: Celebrating our 20th anniversary during a global pandemic as the Asian hub of 3D macromolecular structural data

    Protein Science, , 31巻1号(頁173 - 186), 2022年01月, Gert-Jan Bekker, Masashi Yokochi, Hirofumi Suzuki, Yasuyo Ikegawa, Takeshi Iwata, Takahiro Kudo, Kei Yura, Toshimichi Fujiwara, Takeshi Kawabata, Genji Kurisu, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  20. CFI 25 subunit of cleavage factor I is important for maintaining the diversity of 3′ UTR lengths in Arabidopsis thaliana (L.) Heynh

    Plant and Cell Physiology, , 63巻3号(頁369 - 383), 2022年01月, Xiaojuan Zhang, Mika Nomoto, Marta Garcia-León, Naoki Takahashi, Mariko Kato, Kei Yura, Masaaki Umeda, Vicente Rubio, Yasuomi Tada, Tsuyoshi Furumoto, Takashi Aoyama, Tomohiko Tsuge, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  21. Dissecting Cricket Genomes for Advancement of Entomology and Entomophagy

    Biophysical Reviews, , 14巻(頁75 - 97), 2022年01月, Kosuke Kataoka, Yuki Togawa, Ryuto Sanno, Toru Asahi, Kei Yura, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  22. Puromycin-based purification of cells with high expression of the cytochrome P450 CYP3A4 gene from a patient with drug-induced liver infury (DILI)

    Stem Cell Research & Therapy, , 13巻(頁6), 2022年01月, Shoko Miyata, Noriaki Saku, Saeko Akiyama, Palaksha Kanive Javaregowda, Kenta Ite, Nagisa Takashima, Masashi Toyoda, Kei Yura, Tohru Kimura, Hiroshi Nishina, Atsuko Nakazawa, Mureo Kasahara, Hidenori Nonaka, Tohru Kiyono, Akihiro Umezawa, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  23. Comparative Analysis of Mitochondrial Genomes in Gryllidea (Insecta: Orthoptera): Implications for Adaptive Evolution in Ant-loving Crickets

    Genome Biology and Evolution, , 13巻10号(頁evab222), 2021年09月, Ryuto Sanno, Kosuke Kataoka, Shota Hayakawa, Keigo Ide, Chuong N Nguyen, Thao P Nguyen, Binh T N Le, Oanh T P Kim, Katsuhiko Mineta, Haruko Takeyama, Makio Takeda, Toshiyuki Sato, Takeshi Suzuki, Kei Yura, Toru Asahi, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  24. Regulatory properties of vitronectin and its glycosylation in collagen fibril formation and collagen degrading enzyme cathepsin K activity

    Scientific Reports, , 11巻(頁12023 - ), 2021年06月, Kimie Date, Hiromi Sakagami, Kei Yura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  25. 昆虫を活用した新たな食料生産システムの構築

    JATAFFジャーナル, , 9巻6号(頁14 - 19), 2021年06月, 由良　敬、鈴木丈詞、渡邉崇人、小倉　淳、朝日　透、生田和正、霜田政美、森岡伸介、佐藤秀一、中村龍平, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  26. Edible wild field cricket (Brachytrupes portentosus) trading in Bangladesh.

    Journal of Insects as Food and Feed, , 7巻8号(頁1255 - 1126), 2021年06月, Md. Mehedi Hasan, Md. Mostafizur Rahman, Kosuke Kataoka, Kei Yura, Md. Omar Faruque, Faysal Rabby Shadhen, Md Fuad Mondal, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  27. Multiple Mutations in RNA Polymerase β-Subunit Gene (rpoB) in Streptomyces incarnatus NRRL8089 Enhance Production of Antiviral Antibiotic Sinefungin: Modeling rif Cluster Region by Density Functional Theory

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, , 85巻5号(頁1275 - 1282), 2021年05月, Saori Ogawa, Hitomi Shimidzu, Koji Fukuda, Naoki Tsunekawa, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, Kei Yura, Tomohisa Hasunuma, Kozo Ochi, Michio Yamamoto, Wataru, Sakamoto, Kentaro Hashimoto, Hiroyuki Ogata, Tadayoshi Kanao, Michiko Nemoto, Kenji Inagaki, Takashi Tamura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  28. Complete Genome Sequences of Thermus thermophilus Strains HB5002 and HB5008, Isolated from Mine Hot Spring in Japan

    Microbiology Resource Announcements, , 10巻(頁e00272-21 - ), 2021年04月, Kentaro Miyazaki, Toshiyuki Moriya, Natsuko Tokito, Tairo Oshima, Kei Yura, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  29. Exploration of natural red-shifted rhodopsins using a machine learning-based Bayesian experimental design

    Communications Biology, , 4巻(頁362 - ), 2021年03月, Keiichi Inoue, Masayuki Karasuyama, Ryoko Nakamura, Masae Konno, Daichi Yamada, Kentaro Mannen, Takashi Nagata, Yu Inatsu, Kei Yura, Oded Béjà, Hideki Kandori, Ichiro Takeuchi, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  30. Complete Genome Sequence of Thermus thermophilus Strain HB5018, Isolated from Mine Hot Spring in Japan

    Microbiology Resource Announcements, , 10巻(頁e0039-21 - ), 2021年03月, Kentaro Miyazaki, Toshiyuki Moriya, Naoki Nemoto, Tairo Oshima, Kei Yura, Yoshitaka Bessho, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  31. SAP130 and CSN1 interact and regulate male gametogenesis in Arabidopsis thaliana

    Journal of Plant Research, , 134巻2号(頁279 - 289), 2021年03月, Shiori S. Aki, Kei Yura, Takashi Aoyama, Tomohiko Tsuge, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  32. Genomic and transcriptomic analyses of Bioluminescence Genes in the Enope Squid Watasenia scintillans

    Marine Biotechnology, , 22巻(頁760 - 771), 2020年12月, Masa-aki Yoshida, Junichi Imoto, Yuri Kawai, Satomi Funahashi, Ryuhei Minei, Yuki Akizuki, Atsushi Ogura, Kazuhiko Nakabayashi, Kei Yura, Kazuho Ikeo, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  33. High-precision multiclass cell classification by supervised machine learning on lectin microarray data

    Regenerative Therapy, , 15巻(頁195 - 210), 2020年12月, Mayu Shibata, Kohji Okamura, Kei Yura, Akihiro Umezawa, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  34. A Novel Circular ssDNA virus of Phylum Cressdnaviricota discovered in Metagenomic Data of Otter Clam (Lutraria rhynchaena)

    Archives of Virology, , 165巻(頁2921 - 2926), 2020年12月, Oanh T.P. Kim, Yuki Kagaya, Hoang S. Tran, Ryuhei Minei, Trang T.H. Tran, Ha T. T. Duong, Binh T. N. Le, Lua T. Dang, Kengo Kinoshita, Atsushi Ogura, Kei Yura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  35. Past, Present and Future of Ewha-JWO-Ochanomizu Joint Symposium

    Natural Science Report, Ochanomizu University, , 71巻Special Issue号(頁67 - 74), 2020年10月, Kazue Kudo, Kyoko Kojima-Aikawa, Kei Yura, 総説, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 単著

  36. Diversification of CpG-Island Promoters Revealed by Comparative Analysis Between Human and Rhesus Monkey Genomes

    Mammalian Genome, , 31巻(頁240 - 251), 2020年07月, Saki Aoto, Mayu Fushimi, Kei Yura, Kohji Okamura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  37. The Draft Genome Dataset of the Asian Cricket Teleogryllus occipitalis for Molecular Research toward Entomophagy

    Frontiers in Genetics, , 11巻(頁470), 2020年05月, Kosuke Kataoka, Ryuhei Minei, Keigo Ide, Atsushi Ogura, Haruko Takeyama, Makio N. Takeda Suzuki, Kei Yura, Toru Asahi, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  38. The reliability and validity of the Japanese version of Revised Illness Perception Questionnaires for Healthy people (IPQ-RH-J)

    British Journal of Cancer Research, , 3巻2号(頁384 - 389), 2020年04月, Hiroko Terui-Kohbata, Masami Ikeda, Kei Yura , 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  39. Biophysics at Waseda University

    Biophysical Reviews, , 12巻(頁225 - 232), 2020年03月, Mitsunori Takano, Kei Yura, Taro Ueda, Kenji Yasuda, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  40. REFOLDdb: a new and sustainable gateway to experimental protocaols for protein refolding

    BMC Structural Biology, , 17巻(頁4 - ), 2017年05月, Mizutani, H., Sugawara, H., Buckle, A.M., Sangawa, T., Miyazono, K., Ohtsuka, J., Nagata, K., Shijima, T., Nosaki, S., Xu, Y., Wang, D., Hu, X., Tanokura, M., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  41. Candidate key genes for low-salinity adaptation identified by RNA-seq comparison between closely related Ulvarian species in marine and brackish waters

    Algal Resources, , 9巻2号(頁61 - 76), 2017年04月, Masakiyo, Y., Ogura, A., Ichihara, K., Yura, K., Shimada, S., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  42. 斎藤信彦先生を偲んで

    日本物理学会誌, , 72巻4号(頁277), 2017年04月, 由良　敬, 総説, 研究論文（その他学術会議資料等）, 第一著者相当

  43. Special issue: big data analyses in structural and functional genomics

    Journal of Structural and Functional Genomics, , 17巻(頁67), 2017年01月, Yokoyama, S., Yura, K., 総説, 研究論文（研究会，シンポジウム資料等）, 第一著者相当

  44. VaProS: A Database-Integration Approach for Protein/Genome Information Retrieval

    Journal of Structural and Functional Genomics, , 17巻4号(頁69 - 81), 2016年12月, Gojobori, T. Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, AR., Kinoshita, K., Kwon, Y., Migita, O., Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara, H., Yamada, D, Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  45. Obituary: Nobuhiko Saitô, a man who understood protein folding in his own way

    Biophysics and Physicobiology, , 13巻(頁245 - 247), 2016年11月, Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  46. Memorial Issue for Professor Nobuhiko Saitô

    Biophysics and Physicobiology, , 13巻(頁243), 2016年11月, Yura, K., Wako, H., 総説, 研究論文（研究会，シンポジウム資料等）, 第一著者相当

  47. Conformational shift in the closed state of GroEL induced by ATP-binding triggers a transition to the open state

    Biophysics and Physicobiology, , 13巻(頁127 - 134), 2016年07月, Suzuki, Y., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  48. Preface of Special Issue "Protein-Ligand Interactions"

    Biophysics and Physicobiology, , 13巻(頁85 - 86), 2016年07月, Yura, K., 総説, 研究論文（研究会，シンポジウム資料等）, 第一著者相当

  49. Case study on the evolution of hetero-oligomer interfaces based on the differences in paralogous proteins

    Biophysics and Physicobiology, , 12巻(頁103 - 116), 2015年12月, Aoto, S., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  50. Design and synthesis of 4-benzyl-1-(2H)-phthalazinone derivatives as novel androgen receptor antagonists

    European Journal of Medicinal Chemistry, , 102巻(頁310 - 319), 2015年09月, Inoue, K., Urushibara, K., Kanai, M., Yura, K., Fujii, S., Hashimoto, Y., Ishigami-Yuasa, M., Mori, S., Kawachi, E., Matsumura, M., Hirano, T., Kagechika, H., Tanatani, A., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  51. Biochemical Analysis of Phytolacca DOPA Dioxygenase.

    Natural Product Communications, , 10巻5号(頁717 - 719), 2015年05月, Takahashi, K., Yoshida, K., Yura, K., Ashihara, H., Sakuta, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  52. Structural classification of steroid-binding sites on proteins by coarse-grained atomic environment and its correlation with their biological function.

    Steroids, , 96巻(頁81 - 88), 2015年04月, Hori-Tanaka, Y., Yura, K., Takai-Igarashi, T., Tanaka, H., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  53. Structural and functional analyses of Barth syndrome-causing mutations and alternative splicing in the tafazzin acyltransferase domain.

    Meta Gene, , 4巻(頁92 - 106), 2015年04月, Hijikata, A., Yura, K., Ohara, O., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  54. Structure of the microtubule-binding domain of flagellar dynein

    Structure, , 22巻11号(頁1628 - 1638), 2014年11月, Kato, Y.S., Yagi, T., Harris, S.A., Ohki, S., Yura, K., Shimizu, Y., Honda, S., Kamiya, R., Burgess, S.A., Tanokura, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  55. Conformational behaviour of flavin adenine dinucleotide: Conserved stereochemistry in bound and free states.

    The Journal of Physical Chemistry B, , 118巻47号(頁13486 - 13497), 2014年11月, Kuppuraj, G., Kruise, D., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  56. Cephalopod eye evolution was modulated by the acquisition of Pax-6 splicing variants

    Scientific Reports, , 4巻(頁4256 - ), 2014年03月, Masa-aki Yoshida, Kei Yura, Atsushi Ogura, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  57. Structural insights of post-translational modification sites in the proteome of Thermus thermophilus

    Journal of Structural and Functional Genomics, , 15巻3号(頁137 - 151), 2014年01月, Masui,R., Takahata, Y., Inoue, M., Iio, Y., Okanishi, H., Kim, K., Nakagawa, N., Yura, K., Kuramitsu, S., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  58. Complete genome sequence of the mitochondrial DNA of the river lamprey, Lethenteron japonicum

    Mitochondrial DNA, , doi:10.3109/19401736.2013.861432巻doi:10.3109/19401736.2013.861432号(頁doi:10.3109/19401736.2013.861432), 2014年01月, Kawai, Y.L., Yura, K., Shindo, M., Kusakabe, R., Hayashi, K., Hata, K., Nakabayashi, K., Okamura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  59. Molecular and clinical characteristics of MSH6 germline variants detected in colorectal cancer patients

    Oncology Reports, , 30巻6号(頁2909 - 2916), 2013年10月, Terui, H., Tachikawa, T., Kakuta, M., Nishimura, Y., Yatsuoka, T., Yamaguchi, K., Yura, K., Akagi, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  60. Human Origin Recognition Complex Binds Preferentially to G-Quadruplex-Preferable RNA and Single-Stranded DNA.

    Journal of Biological Chemistry, , 288巻42号(頁30161 - 30171), 2013年09月, Hoshina, S., Yura, K., Teranishi, H., Kiyasu, N., Tominaga, A., Kadoma, H., Nakatsuka, A., Kunichika, T., Obuse, C., Waga, S., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  61. 分子動力学とデータベースによる統合解析

    生化学, , 85巻8号(頁646 - 655), 2013年08月, 倭　剛久、由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  62. 数学・理科教育教材の開発に向けての取組み

    情報知識学会誌, , 23巻2号(頁199 - 204), 2013年05月, 川井優里、板垣　舞、芳須公美、竹田宏美、由良　敬, 原著, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 共著者

  63. CoDP: Predicting the Impact of Unclassified Genetic Variants in MSH6 by the Combination of Different Properties of the Protein

    Journal of Biomedical Science, , 20巻(頁25 - ), 2013年05月, Terui, H., Akagi, K., Kawame, H., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  64. A bicyclic 1-deoxygalactonojirimycin derivative as a novel pharmacological chaperone for GM1 gangliosidosis

    Molecular Therapy, , 21巻3号(頁526 - 532), 2013年03月, Takai, T., Higaki, K., Aguilar-Moncayo, M., Mena-Barragan, T., Hirano, Y., Yura, K., Yu, L., Ninomiya, Garcia-Moreno, H.M.I., Sakakibara, Y., Ohno, K., Nanba, E., Mellet, C.O., Fernandez, J.M.G., Suzuki, Y., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  65. Distinct Conformation of ATP Molecule in Solution and on Protein

    BIOPHYSICS, , 9巻(頁1 - 12), 2013年01月, Kobayashi, E., Yura, K., Nagai, Y., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  66. RNAの塩基配列はDNAの塩基配列と完全に一致するのか？

    生物の科学 遺伝, , 66巻3号(頁237 - 239), 2012年05月, 由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 単著

  67. Tuning glycosidase inhibition through aglycone interactions: pharmacological chaperones for Fabry disease and GM1 gangliosidosis

    Chem. Commun., , 48巻(頁6514 - 6516), 2012年05月, Aguilar-Moncayo, M., Takai, T., Higaki, K., Mena-Barragan T., Hirano, Y., Yura, K., Li, L., Yu, Y., Ninomiya, H., Garcia-Moreno, M.I., Ishii, S., Sakakibara, Y., Ohno, K., Nanba, E., Oritz Mellet, C., Garcai Fernandez, J.M., Suzuki, Y., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  68. 巻頭言：境界にいることを楽しもう

    生物物理, , 52巻3号(頁123), 2012年02月, 由良　敬, 寄書, 研究論文（学術雑誌）, 単著

  69. Revisiting gap locations in amino acid sequence alignments and a proposal for a method to improve them by introducing solvent accessibility

    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, , 79巻6号(頁1868 - 1877), 2011年06月, Hijikata, A., Yura, K., Noguti, T., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  70. 埋め草「タンパク質立体構造散歩」の経緯

    生物物理, , 51巻3号(頁144 - 145), 2011年06月, 由良敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 単著

  71. タンパク質の構造から機能を推定する：構造バイオインフォマティクス

    化学と生物, , 48巻1号(頁43 - 50), 2010年01月, 由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 単著

  72. RESOPS: A database for analyzing the correspondence of RNA editing sites to protein three-dimensional structures.

    Plant and Cell Physiology, , 50巻11号(頁1865 - 1873), 2009年12月, Yura, K., Sulaiman, S., Hatta, Y., Shionyu, M., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  73. The interwinding nature of protein-protein interfaces and its implication for protein complex formation.

    Bioinformatics, , 25巻23号(頁3108 - 3113), 2009年12月, Yura, K., Hayward, S., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  74. 構造バイオインフォマティクス

    蛋白質核酸酵素, , 54巻12号(頁1535 - 1541), 2009年12月, 由良　敬、塩生真史、藤　博幸, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  75. 陸上植物オルガネラのRNA編集の役割

    生物物理, , 49巻5号(頁244 - 245), 2009年10月, 由良　敬、郷　通子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  76. 理論計算＋生命情報学で初めて見出された活性部位の機能性残基 －ＤＮＡ補修酵素の場合―

    生物物理, , 49巻4号(頁196 - 197), 2009年08月, 倭　剛久、西岡宏任、由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  77. タンパク質の立体構造に基づく相互作用構造の推定

    薬学雑誌, , 128巻11号(頁1547 - 1555), 2008年12月, 由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 単著

  78. Characteristics and prediction of RNA editing sites in transcripts of the moss Takakia lepidozioides chloroplast

    DNA Research, , 15巻5号(頁309 - 321), 2008年12月, Yura, K., Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  79. Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures

    Proceedings of International Symposium on FCS2008, (頁77 - 86), 2008年11月, Yura, K., 総説, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 単著

  80. Key interactions in integrin ectodomain responsible for global conformational change detected by elastic network normal mode analysis

    Biophysical Journal, , 95巻6号(頁2895 - 2908), 2008年09月, Matsumoto, A., Kamata, T., Takagi, J., Iwasaki, K., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  81. Correlation between amino acid residues converted by RNA editing and functional residues in protein three-dimensional structures in plant organelles

    BMC Plant Biology, , 8巻(頁79 - ), 2008年07月, Yura, K., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  82. Discrimination of class I cyclobutane pyrimidine dimer photolyase from blue light photoreceptors by single methionine residue

    Biophysical Journal, , 94巻6号(頁2194 - 2203), 2008年03月, Miyazawa, Y., Nishioka, H., Yura, K., Yamato, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  83. The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

    Nucleic Acids Research, , 36巻DataBase Issue号(頁D793 - D799), 2008年01月, Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 consortium, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  84. coliSNP database server mapping nsSNPs on protein structures

    Nucleic Acids Research, , 36巻DataBase Issue号(頁D409 - D413), 2008年01月, Kono, H., Yuasa, T., Nishiue, S., Yura, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  85. BAAQ: An infrastructure for application integration and knowledge discovery in bioinformatics

    IEEE Transactions on Information Technology in Biomedicine, , 11巻4号(頁428 - 434), 2007年07月, Gong, X., Nakamura, K., Yu, H., Yura, K. Go, N., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  86. Toward the elucidation of the pathway of integrin conformational changes

    Modern Scientific Instruments, , Supplementary巻(頁65 - 66), 2006年12月, Goto, J., Yasunaga, T., Nagai, R., Matsumoto, A., Yura, K., Takagi, J., Iwasaki, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  87. Amino acid residue doublet propensity in the protein-RNA interface and its application to RNA interface prediction

    Nucleic Acids Research, , 34巻22号(頁6450 - 6460), 2006年11月, Kim, T.P.O., Yura, K., Go, N., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  88. Alternative splicing in human transcriptome: functional and structural influence on proteins

    Gene, , 380巻2号(頁63 - 71), 2006年10月, Yura, K., Shionyu, M., Hagino, K., Hijikata, A., Hirashima, Y., Nakahara, T., Eguchi, T., Shinoda, K., Yamaguchi, A., Takahashi, K., Itoh, T., Imanishi, T., Gojobori, T., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  89. Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs

    Nucleic Acids Research, , 34巻14号(頁3917 - 3928), 2006年08月, Takeda, J., Suzuki, Y., Nakao, M., Barrero, R., Koyanagi, K., Jin, L., Motono, C., Hata, H., Isogai,T., Nagai, K., Otsuki, T., Kuryshev, V., Shionyu, M., Yura, K., Go, M., Thierry-Mieg, J., Thierry-Mieg, D., Wiemann, S., Nomura, N., Sugano, S., Gojobori, T., Imanishi, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  90. Coverage of whole proteome by structural genomics observed through protein homology modeling database

    Journal of Structural and Functional Genomics, , 7巻2号(頁65 - 76), 2006年06月, Yura, K., Yamaguchi, A., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  91. 全ゲノムを対象とした蛋白質立体構造データベースの公開

    蛋白質核酸酵素, , 50巻(頁2301), 2005年12月, 由良　敬、山口晶太、郷　通子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  92. Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome

    Proc. of the Inter. Symp. on Frontiers of Comp. Sci., (頁75 - 80), 2005年11月, Go, M., Yura, K., Shionyu, M., 総説, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 共著者

  93. A grid-based system for integrating bioinformatics applications

    Proc. IADIS Inter. Conf.: Applied Computing 2005, , 1巻(頁551 - 558), 2005年10月, Gong, X.J., Yura, K., Go, N., 原著, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 共著者

  94. Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile

    BIOPHYSICS, , 1巻(頁33 - 43), 2005年05月, Metsugi, S., Uenoyama, A., Adan, J., Miyata, M., Yura, K., Kono, H., Go, N., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  95. Newly sequenced eRF1s from ciliates: the diversity of stop codon usage and the molecular surfaces that are important for stop codon interactions

    Gene, , 346巻(頁277 - 286), 2005年02月, Kim, T.P.O., Yura, K., Go, N., Harumoto, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  96. タンパク質のフォールディング:自己組織化と遺伝子のスプライシング

    Bionics, , 2巻1号(頁38 - 43), 2005年01月, 郷　通子、由良　敬, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  97. Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

    PLoS Biology, , 2004年06月, Imanishi, T., Itoh, T., Suzuki, Y., O'Donovan, C., Fukuchi, S., Koyanagi, K.O., Barrero, R.A., Tamura, T., Yamaguchi-Kabata, T., Tanino, M., Yura, K., et al., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  98. Structure and function of a family 10 beta-xylanase chimera of Streptomyces olivaceoviridis E-86 FXYN and Cellulomonas fimi Cex

    Journal of Biological Chemistry, , 2004年06月, Kaneko, S., Ichinose, H., Fujimoto, Z., Kuno, A., Yura, K., Go, M., Mizuno, H., Kusakabe, I., Kobayashi, H., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  99. Highly divergent actins from Karyorelictean, Heterotrich and Litostome Ciliates

    Journal of Eukaryotic Microbiology, , 2004年03月, Kim, T.P.O., Yura, K., Go, N., Harumoto, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  100. Het-PDB Navi. : A database for protein-small molecule interactions

    Journal of Biochemistry (Tokyo), , 2004年01月, Yamaguchi, A.,Iida, K., Matsui, N., Tomoda, S., Yura, K., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  101. Novel types of two-domain multi-copper oxidases: Possible missing links in the evolution

    FEBS Letters, , 2003年10月, Nakamura, K., Kawabata, T., Yura, K., Go, N., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  102. バイオインフォマティクスが追い求めるもの

    名古屋大学情報連携基盤センターニュース, , 2003年05月, 由良　敬, 総説, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 単著

  103. Enlarged FAMSBASE: 3D protein structure models of genome sequences for 41 species

    Nucleic Acids Research, , 2003年01月, Yamaguchi, A., Iwadate, M., Suzuki, E., Yura, K., Kawakita, S., Umeyama, H., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  104. モジュールに基づくゲノム機能予測

    蛋白質核酸酵素増刊「構造プロテオミクス」, , 2002年07月, 由良　敬、郷　通子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  105. ジンクフィンガードメイン

    生体の科学：モチーフ・ドメインリスト, , 2001年09月, 由良　敬、郷　通子, 総説, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  106. POUドメイン

    生体の科学：モチーフ・ドメインリスト, , 2001年09月, 由良　敬、郷　通子, 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  107. Capacity of Thermomonospora alba XylA to impart thermostability in family F/10 chimeric xylanases

    Enzyme and Microbial Technology, , 2001年01月, Ahsan M.M., Kaneko, S., Wang, Q., Yura, K., Go, M., Hayashi K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  108. Mutational analysis of genes involved in pilus structure, motility and transformation competency in the unicellular motile cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803

    Plant Cell Physiology, , 2001年01月, Yoshihara, S., Geng, X.X., Okamoto, S., Yura, K., Murata, T., Go M., Ohmori, M., Ikeuchi, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  109. Module shuffling of a family F/10 xylanase: replacement of modules M4 and M5 of the FXYN of Streptomyces olivaceoviridis E-86 with those of the Cex of Cellulomonas fimi

    Protein Engineering, , 2000年12月, Kaneko, S., Iwamatsu, S., Kuno, A., Fujimoto, Z., Sato, Y., Yura, K., Go, M., Mizuno, H., Taira, K., Hasegawa, T., Kusakabe, I., Hayashi, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  110. Significance of a two-domain structure in subunits of phycobiliproteins revealed by the normal mode analysis

    Biophysical Journal, , 2000年09月, Kikuchi, H., Wako, H., Yura, K., Go, M., Mimuro, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  111. An investigation of the nature and function of module 10 in a family F/10 xylanase FXYN of Streptomyces olivaceoviridis E-86 by module shuffling with the Cex of Cellulomonas fimi and by site-directed mutagenesis

    FEBS Letters, , 1999年10月, Kaneko, S., Kuno, A., Fujimoto, Z., Shimizu, D., Machida, S., Sato, Y., Yura, K., Go, M., Mizuno, H., Taira, K. , Kusakabe, I. and Hayashi, K., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  112. Module-intron correlation and intron sliding in family F/10 xylanase genes

    Gene, , 1999年09月, Sato, Y., Niimura, Y., Yura, K., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  113. Putative mechanism of natural transformation as deduced from genome data

    DNA Research, , 1999年04月, Yura, K., Toh, H., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  114. Repetitive use of a phosphate-binding module in DNA polymerase beta, Oct-1 POU domain and phage repressors

    Cellular and Molecular Life Sciences, , 1999年03月, Yura, K., Shionyu, M., Kawatani, K., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  115. DNA塩基配列を用いたfastDNAmlによる進化系統樹の推定

    名古屋大学大型計算機センターニュース, , 1997年05月, 由良　敬、篠田和紀、井本剛史、郷　通子, 総説, 研究論文（大学，研究機関等紀要）, 第一著者相当

  116. The homeodomain-like putative product of plastid genome: A possible role in plastid differentiation

    Res. Comm. Biochem. Cell & Mol. Biol., , 1997年01月, Yura, K., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

  117. Structure of the human CCG1 gene: relationship between the exons/introns and functional domain/modules of the protein

    Gene, , 1994年04月, Nakashima, T. Sekiguchi, T., Sunamoto, H., Yura, K., Tomoda, S., Go, M., Kere, J., Schlessinger, D., Nishimoto, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  118. Essential role of the Arg112 residue of cytochrome P450cam for election transfer from reduced putidaredoxin

    FEBS Letters, , 1993年09月, Koga, H., Sagara, Y., Yaoi, T., Tsujimura, M., Nakamura, K., Sekimizu, K., Makino, R., Shimada, H., Ishimura, Y., Yura, K., Go, M., Ikeguchi, M., Horiuchi, T., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 共著者

  119. Repeat of a helix-turn-helix module in DNA binding proteins

    Protein Engineering, , 1993年08月, Yura, K., Tomoda, S., Go, M., 原著, 研究論文（学術雑誌）, 第一著者相当

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